中國疾病預防控制中心研究生教育始于1984年。中心有基礎醫學、公共衛生與預防醫學2個一級學科博士碩士學位授予點，免疫學、病原生物學、放射醫學、流行病與衛生統計學、勞動衛生與環境衛生學、營養與食品衛生學、少兒衛生與婦幼保健學、衛生毒理學等8個二級學科博士碩士學位授予點，以及公共衛生碩士（MPH）專業學位學位授予點，其中病原生物學被評為北京市重點學科。截至2017年3月，現有導師共258人，其中博士生導師76人（含院士5名，其中中科院院士2名、工程院院士3名），碩士生導師154人，MPH 導師28人。在讀研究生582人（全日制博士生169人、全日制碩士生275名、在職公共衛生碩士138名）。共授予博士學位812人、碩士學位2203人（其中學術型碩士學位1623人、MPH 學位580人）。中心有基礎醫學、公共衛生與預防醫學2個博士后科研流動站，截至2017年3月，共招收博士后科研人員191人，現在站博士后26人。
　　2007年以來與澳大利亞格里菲斯大學合辦“中國疾病預防控制精英培養（CDCLP）”獎學金項目，已有五批共計58名公共衛生專業人員赴澳參加學習，其中33人獲得了MScPH（格里菲斯大學）碩士學位。2002-2016年，中心共舉辦國家級繼續醫學教育項目822項，培訓學員近9.6萬人次，其中傳染病預防控制國家級繼續醫學教育基地項目132項、培訓學員近1.5萬人次。2001-2017年，中國現場流行病學培訓項目（CFETP）累計招收16 期共331名學員，累計有248名學員畢業；2期西部FETP共招生81名學員，76名學員已畢業。畢業學員成為各級疾控機構的業務骨干。