中國疾控中心的定位是“以科研為依托，以人才為根本，以疾控為中心”，以“一流的疾控依賴一流的科研，一流的科研推動一流的疾控”為目標，自主創新，提升能力，注重前沿，把握機遇。自2002 年成立以來，科研能力得到極大提升，共獲準科研課題近千項，年度獲準課題數從60 余項增加到156 多項，共獲科研經費28.58 億元?？蒲泄ぷ鳛橹卮髠魅静》揽?、救災防病等一次次重大突發事件和奧運會、世博會等各項重大衛生保障工作提供了堅強的支撐，保障了人民健康。十余年間，中心共獲得各類獎項168 項，其中，國家科技獎 4 項，省部級獎164 項。共發表論文 14892 篇，其中中文11502 篇，英文文章3390 篇。英文文章發表數量顯著增加，年度發表數量增長25 余倍。目前，中國疾控中心有國家重點實驗室 1個，國家衛生計生委重點實驗室 3 個，中心重點實驗室 3 個。